Po kolejnej porażce zadanej przez G.I. Joe najbliżsi podwładni przywódcy Cobry, Cobra Commandera, w końcu tracą cierpliwość do jego pozornej niekompetencji i niezdolności do odniesienia prawdziwych zwycięstw. Przywódca działu badań i przesłuchań, Dr. Mindbender, otrzymuje we śnie rozwiązanie. Jego plan polega na zebraniu materiału genetycznego wielkich wojowników i przywódców wojskowych, by stworzyć złożonego klona, który byłby idealnym przywódcą Cobry. Teraz przystępują do realizacji tego planu, a G.I. Joe ma bardzo mało czasu, by dowiedzieć się o spisku, zanim Cobra stanie się jeszcze poważniejszym zagrożeniem dla świata.