Mimo ostrzeżeń przybranego ojca, że dziewczyna znaleziona w ruinach zniszczonego miasta jest zbyt niebezpieczna, by uważać ją za cokolwiek innego niż narzędzie lub broń, Shirou Emiya zaczyna traktować Miyu jak młodszą siostrę. Jednak gdy Shirou opuszcza gardę, a Miyu zaczyna chodzić do zwykłej szkoły, rodzina Ainsworthów i jej agenci porywają dziewczynę, zamierzając ją złożyć w ofierze! W obliczu uświadomienia sobie, że zdolność Miyu do czynienia dobra zawsze będzie równoważona przez jej zdolność do siania zniszczenia, Shirou musi spróbować zarówno uratować swoją przybraną siostrę, jak i zdecydować, jak stawić czoła zagrożeniu, które jej moce będą zawsze stanowić.