Akcja rozgrywa się w nienazwanym japońskim mieście i śledzi losy pięciorga uczniów Akademii Shinyo, którzy próbują rozwikłać zagadkę nowego narkotyku oraz niedawnych zaginięć wśród uczniów. Podczas gdy nauczyciele sądzą, że zaginieni jedynie uciekli z domu, uczennice szepczą między sobą o miejskiej legendzie Boogiepop, o którym mówi się, że jest Shinigami.