W 2220 roku n.e. Federacja Ziemska rozpoczyna plan ewakuacji Ziemi, odkrywając, że zmierzająca w stronę Układu Słonecznego wędrująca czarna dziura jest zdolna zniszczyć wszystko na swojej drodze. Gdy mieszkańcy Ziemi przygotowują się do przeniesienia na planetę Amare, której władca oferuje im schronienie, tyrani znani jako „S.U.S. Empire” atakują pierwszą flotę ewakuacyjną Ziemi. Po tym, jak Susumu Kodai dowiaduje się, że jego żona, kpt. Yuki Mori-Kodai, zaginęła podczas bitwy, a legendarny pancernik kosmiczny Yamato został całkowicie odbudowany, przyjmuje dowództwo nad okrętem, zamierzając nie tylko po raz kolejny pomóc ludzkości, lecz także odnaleźć Yuki w nadziei na naprawienie relacji z córką Miyuki, która obwinia go o zniknięcie matki. Aby jednak wypełnić misję, Yamato musi stoczyć walki z SUS Empire, które zamierza zniweczyć nadzieje ludzkości na znalezienie nowego miejsca do życia i zamienić Ziemię w energię dla własnych samolubnych celów.