Potężna erupcja podwodnego wulkanu zagraża grupie naukowców prowadzących badania. Ratuje ich atomowy superokręt podwodny The Alpha pod dowództwem kapitana McKenziego. Grupa trafia do rozległego podwodnego miasta zwanego Latitude Zero — fantastycznej utopii w stylu Atlantydy, świata pod oceanem, który ma własne słońce. Wkrótce okazuje się, że kapitan McKenzie toczy wojnę ze złowrogim doktorem Malikiem, okrutnym naukowcem pragnącym rządzić ludzkością i prowadzącym eksperymenty genetyczne na ludziach i zwierzętach. Malic wysyła swoich agentów, by porwali doktora Okadę, naukowca, który stworzył serum uodparniające na promieniowanie.