Natsume ponownie balansuje między światem ludzi i yokai, gdy spotkanie z dawną koleżanką Yukii przywołuje bolesne wspomnienia związane z pewnym duchem. Odwiedzając Yorie Tsumurę i jej syna Mukuo, poznaje fragmenty przeszłości Reiko, a ich ciepły dom staje się dla niego chwilowym azylem - do czasu, gdy w okolicy pojawia się tajemniczy yokai. Sytuacja wymyka się spod kontroli, gdy po powrocie z dochodzenia „nasiono yokai” przyniesione przez Nyanko-senseia przemienia się w drzewo, a zjedzenie jednego z jego owoców sprawia, że Nyanko niespodziewanie... dzieli się na trzy wersje siebie.