Kanzo Hattori, początkujący ninja, opuszcza rodzinne miasto Iga, by odbyć ostatni etap szkolenia. Musi udać się do miasta Edo (Tokyo), a pierwsza napotkana osoba zostanie jego panem, którego ma chronić za cenę życia, przestrzegając przy tym kodeksu ninja. Hattori musi też dowiedzieć się, dlaczego ich rywale, ninja z Koga, mają się coraz lepiej, podczas gdy ninja z Iga wymierają. Panem Hattoriego jest Kenichi, dziewięcioletni chłopiec. Kenichi jest introwertykiem i niezbyt popularnym chłopcem, dlatego nigdy nie bawi się z innymi dziećmi ze szkoły. Kenichi skrycie podkochuje się też w młodej kobiecie imieniem Midori, ale jest zbyt nieśmiały, by się do niej odezwać. Obserwując, jak Hattori robi wszystko, co w jego mocy, sam również zaczyna próbować. Tymczasem ludzie zostają znajdowani nieprzytomni, bez żadnych widocznych obrażeń. Wszystkie ofiary mają tatuaż przedstawiający herb ninja z Koga, a tuż obok nich leży nóż do rzucania.