Po incydencie w Unii Azji Południowo-Wschodniej w 2116 roku Shinya Kogami ponownie rusza w tułaczą podróż. W małym południowoazjatyckim państwie Kogami ratuje autobus uchodźców zaatakowany przez uzbrojone oddziały partyzanckie. Wśród uchodźców znajduje się młoda dziewczyna imieniem Tenzin, która błaga Kogamiego, by nauczył ją, jak odpłacić wrogowi. Co widzą dziewczyna pragnąca zemsty i mężczyzna, który zemstę wymierzył, gdy spoglądają na skraj świata, z którego nie ma ucieczki?