Oskarżony o terrorystyczny zamach bombowy na Kreml, agent IMF Ethan Hunt wraz z resztą zespołu zostaje zwolniony z obowiązków w chwili, kiedy prezydent wdraża "Ghost Protocol". Pozostawiony bez środków i wsparcia, Ethan musi znaleźć sposób na oczyszczenie dobrego imienia agencji oraz uniemożliwienie kolejnego ataku. Sprawę komplikuje fakt, iż Ethan zostaje zmuszony do podjęcia się misji wraz z zespołem byłych agentów IMF, których osobistych motywów do końca nie poznał.