Tajemnica Ojca Pio to udana próba ukazania prawdziwego oblicza Stygmatyka oraz bardzo trudnej drogi, jaką przeszedł, by na jej końcu stać się jednym z największych świętych Kościoła. Twórcy zadbali o niepublikowane dotąd materiały: zeznania świadków życia świętego, jego duchowych dzieci, osób, które doświadczyły nawrócenia i uzdrowienia, oraz zdjęcia, nagrania i wypowiedzi współbraci z San Giovanni Rotondo. Film bez ogródek ujawnia, jak niewyobrażalnemu ogromowi prób został poddany skromny zakonnik z Pietrelciny: oszczerstwa i poddawanie w wątpliwość stygmatów, podsłuchy zakładane nawet w konfesjonale, posądzanie o intymne kontakty z kobietami, kary i prześladowania także ze strony osób związanych z Kościołem. Niezwykłe emocje towarzyszą widzowi, gdy śledzi on autentyczne nagrania Ojca Pio i słyszy jego charakterystyczny, jakby niepasujący do wizerunku głos. Całości dopełnia sprawiający ogromne wrażenie ekskluzywny materiał dokumentujący niedawną ekshumację ciała św. Ojca Pio.