Kontynuując wydarzenia, na których zakończył się poprzedni film, kariera gwiazdy Ranki rozkwita, podczas gdy stan zdrowia Sheryl gwałtownie się pogarsza po tym, jak traci przytomność podczas występu na żywo. W tym samym czasie stojące za kulisami odrębne frakcje podejmują działania mające na celu przejęcie kontroli nad hordą Vajra, wykorzystując zdolności wokalne obu śpiewaczek. Gdy cała flota Macross Frontier rozpoczyna ostateczną wojnę z Vajra, Alto wreszcie dokonuje wyboru między Ranką a Sheryl.