Minął rok, odkąd Jim Button i jego najlepszy przyjaciel, maszynista Luke, wrócili z niebezpiecznej przygody w Smoczym Mieście. Życie na Morrowland znów płynie spokojnym rytmem. Nagle nad spokojną wyspą Morrowland zbierają się ciemne chmury: niesławna banda piratów „The Wild 13” dowiedziała się, że smok Mrs Grindtooth został pokonany przez Jima i Luke’a, i teraz przysięga zemstę. Aby uchronić Morrowland przed kolejnym zagrożeniem, obaj wyruszają na niebezpieczną wyprawę lokomotywami parowymi Emmą i Molly. Po drodze spotykają dawnych przyjaciół, takich jak księżniczka Li Si, Mr. Tur Tur i Nepomuk, a także zaprzyjaźniają się z Sursulapichi, prawdziwą syreną. Podczas tej przygody może się też spełnić największe marzenie Jima: poznanie prawdy o swoim tajemniczym pochodzeniu.