Przez całe lata 60. bary gejowskie były azylem dla zmarginalizowanej społeczności queer w całym kraju. Częste naloty policji i przepisy nakazujące kobietom noszenie trzech elementów „ubioru odpowiedniego dla ich płci” doprowadziły do niezliczonych przypadków nękania, napaści i brutalności ze strony policji. Sanctuary opowiada o Meg i Abigail, które po jednym z takich nalotów próbują poradzić sobie z jego skutkami i odnaleźć się w nowej sytuacji.