Zaledwie kilka dni po zakończeniu wojny secesyjnej prezydent Abraham Lincoln został zamordowany w Ford's Theatre. Gdy podzielony naród pogrążył się w żałobie, obława zacieśniała się wokół zabójcy prezydenta, dwudziestosześcioletniego aktora Johna Wilkesa Bootha. The Assassination of Abraham Lincoln ukazuje zbiegające się ścieżki prezydenta i jego zabójcy, a następnie śledzi ich ostatnie podróże i wskazuje powiązania między nimi: trasę pociągu pogrzebowego Lincolna oraz desperackie próby ucieczki Bootha.