Yamato i jej załoga stawiają czoła natarciu Imperium Komety, cywilizacji z Galaktyki Andromedy, która pod przywództwem księcia Zordara dąży do podboju Ziemi. Wykorzystali kometę i posługują się jej potężną mocą, by sprowadzić zniszczenie na swoich rywali i poddanych... czyli w rzeczywistości na wszystkich. Okręt kosmiczny Yamato ponownie rusza do akcji. Tym razem jednak nie powróci, a znaczna część załogi Yamato zaciągnęła się na swoją ostatnią podróż.