W Instytucie Cybernetycznym w Tsukuba w Japonii naukowcy pracują nad najdoskonalszym tworem myśli technicznej jaki kiedykolwiek pojawił się na ziemi - Mechagodzillą. Jest to śmiercionośna maszyna, elektroniczny potwór, niezwyciężona forteca zbudowana na podobieństwo Godzilli. W tym samym czasie ekipa japońskich archeologów prowadząca poszukiwania na jednej z wysp Morza Beringa odkrywa prehistoryczne jajo, które prawdopodobnie liczy sobie ponad 65 milionów lat. Znalezisko przetransportowane zostaje do Narodowego Instytutu Biotechniki w Kioto, gdzie ku zaskoczeniu wszystkich wykluwa się z niego dziecko Godzillosaura. Uśpiona do tej pory Godzilla wyrusza na poszukiwanie małego siejąc po drodze grozę i spustoszenie. Żeby odzyskać młode będzie musiała pokonać w bezwzględnej konfrontacji swojego elektronicznego sobowtóra.