Doświadczony glina staje naprzeciw młodemu ekoterroryście. Tytułowa „wyspa” to sztuczny twór w Zatoce Tokijskiej, góra śmieci, produkt uboczny lat gospodarczego boomu Japonii. Protagonista filmu, Alan, pracuje tam, niemal pogrzebany pod odpadami społeczeństwa; jego narastająca obsesja na punkcie poszukiwania „tego, co zostało utracone” przeistacza go w „niebezpiecznego” aktywistę. Obiera za cel przemysłowca Wadę, którego fabryka chemiczna potajemnie odprowadza toksyczne odpady do środowiska. Tymczasem policjant Terayama, który sądził, że widział już wszystko, zaczyna zgłębiać temat aktywizmu ekologicznego i wkrótce nabiera podejrzeń wobec nawiedzonego, małomównego młodego mężczyzny, którego spotkał w okolicy.