Po tym, jak Ziema została zniszczona przez tajemniczą rasę kosmitów o nazwie Gauna, ocalali ludzie postanowili szukać schronienia w kosmosie. Nie mogąc czuć się bezpiecznie, przez tysiąclecia błąkają się we wszechświecie, podróżując na statku międzygalaktycznym o nazwie Sidonia. Kiedy wydaje się, że w końcu udało im się zaznać trochę spokoju, niespodziewanie nadchodzi dzień, w którym po raz pierwszy od stu lat zostają zaatakowani przez wrogich obcych.