Po schwytaniu za próbę zamachu na Raikage, przywódcę Kumogakure, a także za zabicie Jōninów z Kirigakure i Iwagakure, Naruto zostaje uwięziony w Hōzukijou — ośrodku odosobnienia dla przestępców znanym jako Blood Prison. Mui, zarządca zamku, wykorzystuje technikę ostatecznego uwięzienia do kradzieży mocy więźniom. Wtedy Naruto zauważa, że ktoś nastaje na jego życie. Rozpoczyna się walka o odkrycie prawdy kryjącej się za tajemniczymi morderstwami i udowodnienie niewinności Naruto.