Kiedy inspektor Zenigata zostaje odsunięty od sprawy Lupina i popada w przygnębienie, mistrz złodziei Lupin the Third postanawia pomóc mu odzyskać dawną posadę, łącząc siły ze staruszkiem, by zniszczyć międzynarodowych przemytników broni z Shot Shell. Wraz z wieloletnimi wspólnikami Lupina kradną rosyjski okręt podwodny o napędzie atomowym i werbują do pomocy fizyczkę jądrową Karen, która podejrzanie często zerka na Jigena, partnera Lupina. Jakby tego było mało, następca Zenigaty w Interpolu jest zabójcą, który zamierza eliminować członków gangu Lupina jednego po drugim.