W niedalekiej przyszłości światem rządzi Smart Brain Corporation, a 90% populacji stanowią Orphnoch, podczas gdy niegdyś dominująca rasa ludzka zbliża się do wyginięcia. Takumi Inui, Kamen Rider Faiz, był niegdyś uważany za wybawcę ludzkości, lecz po ataku wojsk Smart Brain uznano go za zmarłego. Od tamtej pory grupy ludzkich rebeliantów przeprowadzają ataki na kompleks Smart Brain, próbując wykraść ściśle tajne Pasy Imperatora, jednak bez powodzenia. Kiba Yuji, Naoya Kaidō i Yuka Osada próbują złagodzić napięcia między obiema rasami, lecz ich spotkanie pokojowe zostaje przerwane przez oddziały Smart Brain i ich najnowszego wojownika, Kamen Rider Psyga. Takumi, przekonany, że jest młodym szewcem o imieniu Takeshi, odzyskuje pamięć i ponownie staje się Kamen Rider Faiz, by raz na zawsze rozprawić się ze Smart Brain.