Akcja „Captain Thunder and the Holy Grail” rozgrywa się w Palestynie podczas trzeciej krucjaty. Kapitan Thunder znajduje w lochach twierdzy umierającego chrześcijanina Juana de Riberę, który powierza mu misję sprowadzenia do Hiszpanii kielicha będącego Świętym Graalem, skradzionego pradawnemu zakonowi. Thunder wraz ze swoimi nierozłącznymi przyjaciółmi Crispinem i Goliatem oraz księżniczką wikingów imieniem Sigfrid stawi czoła złemu feudalnemu panu i jego czarnym „diabłom”, którzy terroryzują mieszkańców dolnego Aragónu.