Po wydarzeniach z Rebellion świat wydaje się być w równowadze — jednak ten pokój jest kruchy. Gdy pojawia się nowe zagrożenie związane z Walpurgisnacht, Homura Akemi musi zmierzyć się z konsekwencjami swoich wyborów i zadać sobie pytanie, jak daleko jest gotowa się posunąć, by chronić Madokę.