PROJECT D: CLASSIFIED opowiada o ściśle tajnej misji odzyskania czegoś z Księżyca, która kończy się rozbiciem statku kosmicznego przy powrocie na Ziemię. Wtedy rozpoczynają się poszukiwania objętych tajemnicą zawartości statku, które łączą niecodzienną grupę osób: profesora fizyki kwantowej, dziennikarza śledczego, agentów Men in Black znanych jako „The Silencers”, pisarza, medium parapsychiczne oraz astronautę, który jest pół człowiekiem, pół potworem i wyrusza na krwawą rzeź, by odnaleźć zaginioną zawartość. Czas ucieka im wszystkim, a także Ziemi, ponieważ tajemniczej zawartości statku poszukują również ci, którym ją odebrano... sami kosmici.