Kosmiczni najeźdźcy przejmują kontrolę nad Great Mazinger, który stoi przy wejściu do muzeum obok Mazinger Z jako symbol pokoju. Grendizer walczy z najeźdźcami i odzyskuje Great Mazinger. Gdy imperium Vegan wysyła nowego generała, by nadzorował podbój Ziemi, ten szybko pojmuje Koji Kabuto, a podczas przesłuchania dowiaduje się o Great Mazinger i przejmuje go z muzeum, gdzie stał jako symbol pokoju. Teraz Duke Fleed na pokładzie Grendizer musi powstrzymać byłego obrońcę ludzkości, zanim stanie się jej niszczycielem.