„A Man Vanishes” analizuje koncepcję johatsu, podejmując temat zjawiska zaginięć ludzi w Japonii na przestrzeni lat. Twórcy wybierają z listy jedną z takich osób — kogoś, kto zdawał się zniknąć z powierzchni ziemi z powodu sprzeniewierzenia pieniędzy w swojej firmie — i rozpoczynają śledczy dokument o przyczynach tego zniknięcia oraz próbę odnalezienia tej osoby.