Zjawisko Dematerializacji, w wyniku którego świat rzeczywisty staje się cyfrowy, stało się problemem, który należy natychmiast rozwiązać. Gdy Netto i Rockman dowiedzieli się o tym incydencie, wyruszyli za swoim ojcem, badaczem sieci Yuuichirou. Odkrył on również w komputerze firmy Trinity Brain Trust wiadomość o inwazji: „Sama Ziemia zrozumie, jak wygląda sytuacja w cyberświecie”. Aby zniszczyć program wywołujący ten incydent, Netto i Rockman muszą zejść głęboko pod ziemię. Czekają tam na nich dawni wrogowie, a także nowi. Gdy walczą ze sobą, budzi się okrutna cyberistota, Nebula Grey. Zjawisko Dematerializacji nie ustanie, dopóki Nebula Grey nie zostanie pokonany.