Cztery dni po zrzuceniu drugiej bomby atomowej na Nagasaki amerykańscy lotnicy wyruszają w ostatnią i najdłuższą misję bombową tej wojny. W Tokio fanatyczna grupa japońskich oficerów przeprowadza śmiały zamach stanu, próbując przedłużyć wojnę. Gdy rebelianci przejmują Pałac Cesarski w Japonii, a wraz z nim — cesarza Hirohito, radiooperator Jim Smith i załoga 315. Skrzydła Bombowego mierzą się z własnymi niebezpieczeństwami na niebie nad Japonią. W rozwoju wydarzeń, którego nie przewidzieli generałowie ani przywódcy światowi, Ostatnia Misja i zamach stanu zbiegają się, przyczyniając się do zakończenia najbardziej niszczycielskiej wojny, jaką znał świat.