Makoto Mizuhara pracuje nad swoim najnowszym eksperymentem w szkolnym laboratorium naukowym, ale gdy robi sobie przerwę, pojawia się jego odwieczny rywal Katsuhiko Jinnai i próbuje zniszczyć urządzenie oraz skompromitować Makoto. Wskutek przeciążenia eksperymentu Makoto, Jinnai, jego siostra Nanami i ich nauczyciel, pan Fujisawa, trafiają do dziwnego i wspaniałego świata El Hazard. Makoto i Fujisawa lądują w samym sercu Królestwa Roshtaria i szybko zaprzyjaźniają się z księżniczką Rune Venus. Jinnai sprzymierza się z Bugromami, rasą gigantycznych owadów, które pragną podbić El Hazard, a jego siostra próbuje zarobić na życie na pustyni. Makoto desperacko szuka sposobu na powrót do domu, a jednocześnie walczy z Bugromami, zyskuje pomoc Świętych Kapłanek i powstrzymuje demonicznego boga Ifuritę przed zniszczeniem wszystkiego.