Gdzieś w Japonii znajduje się małe miasteczko otoczone naturą. W miasteczku tym mieści się duża i wspaniała szkoła Otobashi Gakuen, założona, by przybliżyć uczniom naturę. Historia rozpoczyna się od Kurusugawa Himeko. Jest zwyczajną uczennicą uczęszczającą do Otobashi Gakuen. Spędza jasne i pełne radości dni w szkole wraz ze swoimi dwiema przyjaciółkami, Himekawa Chikane i Oogami Souma. Chikane jest jedyną córką szanowanej rodziny. Doskonale radzi sobie zarówno w nauce, jak i w sporcie. Jest także uprzejma i piękna, dzięki czemu cieszy się dużą popularnością wśród innych uczniów. Oogami Souma jest przyjacielem Himeko z dzieciństwa. Ma problemy z bezpośrednim wyrażaniem emocji, ale jest bardzo szczery. W dniu szesnastych urodzin Himeko ciemny księżyc zasłania słońce, a Orochi przybywają, by zniszczyć świat. Ale dlaczego ich celem jest Himeko...?