Jest XXIII wiek; Ziemia rozpadła się na miliardy fragmentów, które orbitują wokół centralnego jądra. W tym nowym świecie nazwanym Skyland pojawiła się nowa forma ludzi: Seijini, istoty posiadające nadprzyrodzone moce aktywowane przez światło słoneczne. Skyland rządzi Sphere, organizacja kontrolująca zapasy wody na rozdrobnionych blokach i utrzymująca swoją władzę dzięki Guardianom — obiecującym dzieciom Seijinów, które odebrano rodzinom i poddano specjalnemu szkoleniu. Niektórzy Seijini uciekli z Sphere i dołączyli do grupy pirackich rebeliantów, by walczyć z jej uciskiem. Po schwytaniu ich matki przez Sphere Mahad i Lena, młoda Seijinka, która wciąż uczy się kontrolować swoje moce, zostają uratowani przez grupę piratów. Dołączają do pirackiego ruchu oporu, zdecydowani uwolnić matkę i pomóc obalić Sphere.