Tytułowy "Baka", Akihisha Yoshii, uczęszcza do Akademii Fumizuki, która wykorzystuje wyjątkowy i nowoczesny system nauczania. Pozwala on uczniom na walki między sobą poprzez przywołanie kreaturek za zgodą nauczyciela, których siła jest wprost proporcjonalna do wyników testowych z poszczególnych przedmiotów. W szkole funkcjonują klasy od najlepszej A do najgorszej F - im jest się niżej, tym bardziej obniża się poziom nauki uczniów, jak i warunki nauczania. Yoshii, jako że nie jest zbyt inteligentny, trafia do najsłabszej klasy i spotyka tam dużo przyjaciół, których łączy jeden cel: za pomocą wcześniej wspomnianych walk odebrać studentom z klasy A ich salę, aby móc się uczyć w lepszych warunkach.