Akcja tytułu rozgrywa się w świecie, gdzie ludzkość utraciła kontrolę nad oceanami – przejęła ją tak zwana Flota Dalekomorska (Deep Sea Fleet). Jedyną nadzieją na przeciwstawienie się takiemu stanowi rzeczy są Kanumusu – flotylla uzbrojonych dziewcząt posiadających duchy japońskich okrętów wojennych. Fabuła anime rozwija się wokół Fubuki – niedoświadczonej, ale ambitnej i przyjacielskiej dziewczyny – która przybywa do Chinjufu (bazy wojskowej połączonej ze szkołą z internatem), by wraz z innymi Kanmusu trenować, uczestniczyć w bitwach morskich oraz stawiać czoło wydarzeniom niezwykłego szkolnego życia.