Trzynastoletnia Mirai Asahina, dziewczynka zafascynowana różnymi rzeczami, wraz ze swoim pluszowym misiem Mofurun udaje się zbadać tajemniczy obiekt, który spadł z nieba. Tam spotyka młodą czarodziejkę o imieniu Liko, poszukującą czegoś znanego jako Szmaragd Linkle Stone. Gdy słudzy Dokuroxy'ego przybywają po Szmaragd Linkle Stone, Mirai i Liko, chwytając się za ręce z Mofurunem, przemieniają się w legendarne czarodziejki znane jako Pretty Cures, by z nimi walczyć. W ten sposób Mirai dołącza do Liko w uczęszczaniu do Magicznej Szkoły, gdzie muszą nauczyć się używać magii, a jednocześnie odpierać ataki sługusów Dokuroxy'ego.