W XXI wieku planeta Ziemia stała się niezdatna do zamieszkania, a ludzie masowo migrowali na Planetę Zi, naturalny dom metalicznych form życia znanych jako Zoids. Wiele lat później Zi zbliża się ku zagładzie. Jej mieszkańcy podejmują próbę migracji z powrotem na Ziemię. Próbując odtworzyć Ziemię tak, by nadawała się do zamieszkania, migranci opracowują plan „Zi-Forming”. Plan jednak kończy się niepowodzeniem, a Ziemia pozostaje pogrążona w chaosie. Opanowana przez Zoids i spowita niestabilnymi zjawiskami pogodowymi, stawia migrantów przed trudnym życiem. Osady Imperium i Republiki próbują odnaleźć zakopane pod ziemią Zoids, by wzmocnić swoje armie. Historia rozpoczyna się od spotkania przedstawicieli drugiego pokolenia ziemskich obywateli: Leo Conrad i Buzz Cunningham przypadkowo spotykają dziewczynę Sally Land, która ucieka przed ludźmi Imperium.