Neku budzi się w środku tętniącego życiem Scramble Crossing w Shibuyi, nie pamiętając, jak się tam dostał. Nie wie, że został przetransportowany do alternatywnej rzeczywistości znanej jako Underground (UG). Wraz z przeniesieniem rozpoczyna się tajemnicza gra o nazwie „Reapers' Game,”. Aby przeżyć, Neku musi współpracować z dziewczyną o imieniu Shiki. Razem wykonują misje i pokonują potwory znane jako „Noise”, stopniowo odkrywając prawdziwą naturę tej pokręconej gry.