W kraju Gazth-Sonika szaleje wojna domowa. To właśnie tam najemniczka imieniem Madlax wykonuje swój fach, wykazując niemal nadprzyrodzone umiejętności. W pozornie spokojnym kraju Nafrece Margaret Burton wiedzie beztroskie życie. Choć ich losy wydają się zupełnie różne, łączą je tajemnicze więzi oraz święta księga, której poszukuje również owiana cieniem organizacja Enfant. Podążając ścieżką przeznaczenia, Margaret i Madlax zbliżają się do odkrycia prawdy — bez gwarancji, że będzie to prawda, której zdołają stawić czoła.