Zagłębiając się w duchową podróż ludzi do Niebiańskiego Królestwa Buddy, Heavenly Chronicles opowiada o pięciorgu przyjaciołach, którzy wyruszają w poszukiwaniu sposobu na przywrócenie pokoju na skorumpowanej i pogrążonej w chaosie Ziemi. Utsu no Miko, urodzony z rogiem, znalazł schronienie na górze Kongo, gdzie studiuje, by zostać Bogiem. Kiedy jednak rządzący rząd imperialny zdaje się przynosić ludziom jedynie zniszczenie, Miko i jego przyjaciele wyruszają w trwającą 33 lata podróż, aby dotrzeć do Niebiańskiego Królestwa i spotkać wszechmocnego Ojca Gwiazdy Północnej. Droga jest jednak pełna niebezpieczeństw, ponieważ pięcioro ludzi wkracza do świata nieśmiertelnych, w którym bogowie sprawują najwyższą władzę. Aby osiągnąć swój cel, Miko musi najpierw rzucić im wyzwanie i stoczyć z nimi walkę.