Vanitas no Carte to historia Noégo, młodzieńca podróżującego sterowcem po dziewiętnastowiecznym Paryżu w jednym celu: aby znaleźć Księgę Vanitasa. Wskutek niespodziewanego ataku wampira, poznaje enigmatycznego Vanitasa, doktora specjalizującego się w wampirach, który ku zaskoczeniu Noégo jest zwykłym człowiekiem. Tajemniczy doktor odziedziczył imię i cieszący się złą sławą tekst po legendarnym Vanitasie i wykorzystuje grymuar do leczenia swoich pacjentów.