Dziesięć lat po Ceremonialnej Bitwie nastoletni chłopak o imieniu Judai Yuuki (Jaden Yuki) wyrusza, by dołączyć do Duel Academia (Duel Academy), mieszczącej się na odległej wyspie u wybrzeży Japonii. Tam poznaje swoich kolegów i koleżanki z uczelni, zyskując kilku przyjaciół, a także kilku wrogów. Judai zostaje przydzielony do najniższej rangi Osiris Red (Slifer Red), ale nadal sprawdza swoje umiejętności w pojedynkach z uczniami i kadrą, by udowodnić swoją wartość jako Duelista i zdobyć szacunek wszystkich wokół.