Po II wojnie światowej rząd Japonii postanowił zrobić wszystko, aby chronić swoich obywateli przed przestępczością. Do walki z terrorystami, mordercami czy innymi groźnymi personaliami powołano agencję ninja, która w szczytowym okresie miała do zaoferowania 20 tys. wyszkolonych zabójców, gotowych zrobić wszystko, aby chronić swój kraj i nie zostać na tym nakryci. Kudo ma 17 lat i chodzi do liceum, żyjąc tak, jak każdy przeciętny nastolatek. Jednak mało kto wie, że jest także wyszkolonym ninją, który ma bronić Tokio.