Kamui jest ninja z okresu Edo, który postanowił opuścić swój klan. Po odejściu z niego jest nieustannie ścigany przez członków dawnego klanu, którzy uważają go za zdrajcę i chcą go zabić. Kamui wędruje po Japonii, by im uciec, wykorzystując swoją inteligencję i niezwykłe umiejętności, które pozwalają mu przetrwać. W trakcie serii Kamui zaczyna popadać w paranoję z powodu tego, że jest prześladowany. Zaczyna wierzyć, że wszyscy chcą go zamordować, i traci zaufanie do każdego, kogo spotyka.