Anime rozpoczyna się od snu Wendy, w którym Piotruś Pan ratuje ją i walczy na miecze z kapitanem Hakiem. Później, w tym samym odcinku, Wendy i jej dwaj bracia udają się do Nibylandii, a Wendy zostaje „matką” Zaginionych Chłopców. W trakcie serii między Piotrusiem a Wendy rozkwita romans, gdy wspólnie walczą z piratami. W drugiej połowie seria obiera kierunek odmienny od oryginalnej fabuły, a także wprowadza nową postać — księżniczkę Lunę — która staje się ważną częścią ostatnich odcinków.