Minęły trzy lata od bitwy z Imperium Białej Komety. Prezydent Dessler, który poszukuje nowej gwiazdy macierzystej, by ocalić wymierający lud Gamilas, odkrywa gwiazdę spełniającą te warunki w pewnym rejonie galaktyki Drogi Mlecznej. Znajdowała się ona jednak na terytorium potężnego międzygwiezdnego państwa. Konflikt terytorialny, który wybuchł w galaktyce, nieuchronnie angażuje Ziemię, związaną z Gamilas traktatem o bezpieczeństwie. Magia zakrzywienia czasu, która przyniosła Ziemi militarne i gospodarcze korzyści, zniknęła w zamian za ich własne życie. Susumu Kodai wyrusza z nową załogą w rejs szkoleniowy w ramach przygotowań na nadchodzącą sytuację kryzysową. Nie wiedząc, że pośród nich znajduje się ktoś, kto na niego poluje. Yamato ma właśnie rozpocząć nową podróż w erze bezprecedensowego niepokoju. Po drodze czeka na nich niewyobrażalny nowy wróg...