Mieszkańcy planety Thundera ewakuują się tuż przed jej zniszczeniem. Ściga ich grupa mutantów. Wszystkie ich statki ucieczkowe poza jednym zostają zniszczone. Pozostaje tylko niewielka grupa Thundercian (Thundercats). Z silnikami działającymi z połową mocy grupa, której przewodzi Jaga, musi obrać kurs na najbliższą planetę. Jaga dowodzi statkiem, podczas gdy pozostała siódemka znajduje się w komorach hibernacyjnych. Jaga umiera podczas ich podróży na Third Earth, a ich statek rozbija się na tej planecie. Wkrótce zaprzyjaźniają się z różnymi grupami z okolicy i projektują fortecę. Mumm-Ra, uosobienie zła liczące sobie setki lat, wraz z mutantami, którzy zniszczyli resztę Thundercian, stanowi nieustanne zagrożenie. Jednak Lion-O, nowy przywódca Thundercats, wraz ze swoją bronią, „Sword of Omens”, pomoże Thundercats skutecznie stawić mu czoła.