W roku Cosmic Era 0071 kosmiczna kolonia Heliopolis pozostaje neutralna w wielkiej wojnie szalejącej w całej galaktyce pomiędzy Koordynatorami, istotami ludzkimi, których cechy biologiczne zostały zmienione przed narodzinami, i Naturals, niezmienionymi ludźmi, którzy pozostają na planecie Ziemia. Głęboka nienawiść Naturals do Koordynatorów wypędziła zaawansowane istoty w kosmos, szukając schronienia w stworzonych przez człowieka koloniach. Kira Yamato jest koordynatorem i studentem uniwersytetu w Heliopolis, kiedy jego życie zostaje zniszczone, gdy ZAFT, organizacja wojskowa złożona z buntowniczych koordynatorów, atakuje kolonię, próbując ukraść zestaw pięciu najnowocześniejszych wojskowych kombinezonów bojowych znanych jako Gundamy.