Dawno temu nagle pojawił się niezidentyfikowany wróg, Unknown. „Agencja Rozwoju Nadprzyrodzonej Kolei” opracowała w ramach przeciwdziałania temu zagrożeniu „Shinkalion”, robota, który zmienia się w pociąg pociskowy. „Chcę być fajną osobą, która potrafi kogoś ochronić...” Taisei Oonari, uczeń drugiej klasy gimnazjum, przenosi się do gimnazjum Shinkai Gakuen w poszukiwaniu wskazówek dotyczących swojej starszej siostry, która zaginęła dwa lata wcześniej. Właśnie wtedy Unknown pojawia się po raz pierwszy od 10 lat. Okazuje się, że Taisei ma wysokie predyspozycje do pilotowania Shinkaliona i zostaje zmuszony do podjęcia decyzji o walce z nim. Jaka jest prawdziwa natura Unknown i jaki jest jego cel? Jaka prawda wyjdzie na jaw na końcu walki? Właśnie rozpoczyna się historia determinacji i rozwoju chłopców.