Cierpiący na amnezję, beztroski młodzieniec imieniem Shoichi Tsugami wykorzystuje moc Agito, by rozwikłać tajemnice swojej przeszłości i walczyć z istotami znanymi jako Unknowns. W odpowiedzi na zagrożenie ze strony Unknowns policja wprowadza do akcji swoją najnowszą broń — pancerz wspomagany G3, używany przede wszystkim przez Makoto Hikawę. Pojawienie się Ryo Ashihary, który przemienia się w poprzednika Agito znanego jako Gills, ujawnia kolejne tajemnice. Poszukuje on prawdy o samobójstwie swojego ojca. Te i inne tajemnice splatają się, a prawdziwa natura Agito ostatecznie zadecyduje o losie ludzkości.