Akcja rozgrywa się w 1635 roku, 35 lat po bitwie pod Sekigaharą, gdy Japonia wydaje się spokojna. Jednak ten spokój zakłóca potworne stworzenie zwane „Gun-kyo”, które pożera ludzi. Szogunat podpala wioski, w których pojawia się Gun-kyo, by ukryć prawdę. Orin, była ninja, która spokojnie żyje ze swoją pasierbicą, po spotkaniu z Gun-kyo podczas poszukiwania lekarstwa zostaje wciągnięta z powrotem do walki. Tymczasem Shiro, Gun-kyo zachowujący ludzką świadomość, wyrusza, by odkryć swoje pochodzenie i sekret tego stworzenia.