Gdy Teenage Mutant Ninja Turtles zdobywają od Crys-Mu, ducha światła, Mutastones, zyskują zdolność przemiany w Super Turtles na trzy minuty. Tymczasem zły Shredder i jego sługusi Bebop oraz Rocksteady natrafiają na Dark Mutastone, która przemienia ich odpowiednio w Devil Shredder, Supermutant Bebop i Supermutant Rocksteady. Żółwie mają jednak w zanadrzu jeszcze jedną sztuczkę: cała czwórka może połączyć się w swoją ostateczną formę — Turtle Saint.